クリニック開業で使える補助金・助成金一覧2026

クリニックを開業する際には、多額の資金が必要となります。日本政策金融公庫の「2024年度新規開業実態調査」によると、開業費用の平均値は985万円にのぼり、医療機関の場合はさらに高額になることも珍しくありません。

自己資金や金融機関からの融資に加えて、国や自治体が提供する補助金・助成金を活用すれば、初期投資の負担を軽減できるでしょう。

本記事では、クリニック開業時に活用できる補助金・助成金の種類や申請のポイントを詳しく解説します。

補助金と助成金の違い

補助金と助成金は似た制度に見えますが、管轄省庁や受給の仕組みに違いがあります。両者の特徴を正しく理解したうえで、自院の状況に適した制度を選択することが重要です。

補助金の特徴

補助金は、主に経済産業省や中小企業庁が管轄する制度で、事業計画の審査を経て採択される仕組みとなっています。申請すれば必ず受給できるわけではなく、審査によって採択・不採択が決まる点が特徴です。

IT導入補助金や小規模事業者持続化補助金、ものづくり補助金などが代表的な制度として挙げられます。

補助金の多くは公募期間が設定されており、年に数回の公募が行われるのが通例です。公募期間内に申請書類を整えて提出する必要があるため、開業スケジュールと公募時期を照らし合わせながら計画を立てることが求められます。

助成金の特徴

助成金は、主に厚生労働省が管轄する制度で、要件を満たせば原則として受給できる仕組みです。

雇用の促進や人材育成、労働環境の改善を目的としたものが多く、キャリアアップ助成金やトライアル雇用助成金、人材開発支援助成金などがあります。補助金と比較すると採択の不確実性が低いため、計画的な資金調達がしやすいといえるでしょう。

助成金は通年で申請を受け付けているものが多いのも特徴の一つです。ただし、年度ごとに要件や支給額が見直されることがあるため、申請時点での最新情報を確認する必要があります。

また、助成金の財源は雇用保険料であるため、雇用保険の適用事業所であることが受給の前提条件となります。

クリニック開業で活用できる主な制度

ここからは、クリニック開業時に活用できる補助金・助成金を紹介します。IT導入に関する補助金と、雇用・人材育成に関する助成金に分けて解説していきます。

IT導入補助金

IT導入補助金は、中小企業・小規模事業者のIT化を支援する制度で、クリニックの開業時にも活用できます。

電子カルテやレセプトコンピュータ（レセコン）など、医療機関に必要なシステムの導入費用を抑えられる可能性があるため、制度の概要と申請のポイントを確認しておきましょう。

制度の概要

IT導入補助金は、業務効率化やDX推進を目的としたITツールの導入費用の一部を補助する制度です。補助率は2分の1から5分の4程度で、補助額は申請する枠や類型によって異なります。

2025年度時点の制度では、通常枠で5万円から最大450万円、インボイス枠（インボイス対応類型）で50万円から350万円、インボイス枠（電子取引類型）で下限なしから350万円、セキュリティ対策推進枠で5万円から150万円といった補助額が設定されています。

クリニック開業時には、電子カルテ、予約管理システム、会計ソフトなどの導入に本補助金を活用することで、初期投資を抑えることが可能となります。

ただし、対象となるのはIT導入支援事業者が提供する登録済みのITツールに限られるため、導入を検討しているシステムが補助対象かどうか、事前に確認しておく必要があるでしょう。

対象となるITツール

本補助金の対象となるのは、IT導入支援事業者が事務局に登録したITツールに限られます。

クリニックで活用できるツールとしては、電子カルテシステム、レセコン、Web予約システム、オンライン診療システム、勤怠管理システム、会計・給与計算ソフト、顧客管理システム（CRM）などが挙げられるでしょう。

申請前に、導入を検討しているツールが補助対象として登録されているか、IT導入補助金の公式サイトで検索・確認することが重要です。登録されていない場合は、ベンダーに登録予定があるか問い合わせるか、別の補助対象ツールを検討することになります。

申請の流れと注意点

申請にあたっては、まずIT導入支援事業者を選定し、導入するITツールを決定します。

次に「gBizIDプライム」のアカウントを取得する必要がありますが、アカウント発行までに2週間程度かかることがあるため、早めに手続きを進めておくとよいでしょう。あわせて、情報セキュリティ対策の取り組みを自己宣言する「SECURITY ACTION」の宣言も必要となります。

その後、IT導入支援事業者と共同で申請書類を作成し、電子申請を行います。採択結果は申請締切から1か月程度で通知され、採択された場合は補助事業を実施することになります。

事業完了後に実績報告を行い、審査を経て補助金が交付される流れです。補助金は後払いのため、一時的に全額を自己負担する必要がある点に留意しておきましょう。

参考：IT導入補助金2025（中小企業庁）

キャリアアップ助成金

キャリアアップ助成金は、非正規雇用労働者の正社員化や処遇改善を行う事業主を支援する制度です。クリニック開業後にパートタイムや有期雇用で採用したスタッフを正社員に転換する際に活用できる、主要な助成金の一つとなります。

正社員化コースの概要

正社員化コースは、有期雇用労働者等を正規雇用労働者に転換または直接雇用した場合に助成金が支給される制度です。2025年度から「重点支援対象者」の区分が新設され、支給額が見直されています。

重点支援対象者（雇入れから3年以上の有期雇用労働者、派遣労働者、母子家庭の母等、人材開発支援助成金の訓練修了者など）を正社員化した場合は、中小企業で1人あたり80万円（第1期40万円、第2期40万円の2期に分けて支給）が支給されます。重点支援対象者以外の場合は1期目の40万円のみの支給となります。

無期雇用から正規雇用への転換の場合、重点支援対象者は1人あたり40万円（第1期20万円、第2期20万円）、それ以外は20万円のみの支給となります。

申請の要件

本助成金を受給するためには、正社員転換を行う前に「キャリアアップ計画」を作成し、管轄の労働局に届け出ておく必要があります。この計画書は、転換日の前日までに提出しなければならないため、採用段階から計画的に準備を進めることが重要です。

また、正社員転換後6か月間の賃金が、転換前6か月間の賃金と比較して3％以上増加していることが要件となっています。

さらに、就業規則に正社員転換制度を規定していること、転換後に雇用保険・社会保険に加入させていることなども求められます。要件を満たさない場合は不支給となるため、申請前に詳細な要件を確認しておくことが欠かせません。

参考：キャリアアップ助成金（厚生労働省）

トライアル雇用助成金

トライアル雇用助成金は、就職が困難な求職者を試行的に雇用する事業主を支援する制度です。クリニックの開業時に新規スタッフを採用する際、求職者の適性を見極めながら雇用できる仕組みとして活用を検討できます。

制度の概要と支給額

トライアル雇用助成金は、ハローワーク等の紹介により、就職困難者を原則3か月間の試行雇用として受け入れた事業主に支給されます。

対象となる労働者1人につき月額最大4万円が支給され、3か月の試行期間で最大12万円を受給できます。ひとり親家庭の父母等を雇用した場合は月額最大5万円となり、最大15万円が支給される仕組みです。

トライアル雇用期間中に対象者が離職した場合や、試行雇用を終了した場合は、実際に就労した期間に応じた額が支給されます。

試行雇用終了後は、常用雇用（期間の定めのない雇用）へ移行することが期待されていますが、移行は義務ではありません。適性を見極めた結果、常用雇用に移行しない判断をすることも認められています。

対象となる労働者

本助成金の対象となる労働者は、2年以内に2回以上離職や転職を繰り返している方、離職期間が1年を超えている方、妊娠・出産・育児を理由に離職し安定した職業に就いていない期間が1年を超えている方です。

また、ニートやフリーターなど60歳未満で、ハローワーク等において担当者制による個別支援を受けている方も対象となります。

さらに、就職支援に当たって特別の配慮を要する方も対象となっており、具体的には生活保護受給者、母子家庭の母等、父子家庭の父、日雇労働者、季節労働者、中国残留邦人等永住帰国者、ホームレス、住居喪失不安定就労者、生活困窮者、ウクライナ避難民などが含まれます。

対象者の範囲は幅広いため、ハローワークの求人票に「トライアル雇用併用」と明示することで、対象者からの応募を受け付けることができるでしょう。

参考：トライアル雇用助成金（厚生労働省）

人材開発支援助成金

人材開発支援助成金は、従業員の職業訓練等を実施する事業主を支援する制度です。クリニック開業後のスタッフ教育・研修に活用できる助成金として、検討すると良いでしょう。

人材育成支援コースの概要

人材育成支援コースは、職務に関連した知識・技能を習得させるための訓練を実施した場合に、訓練経費や訓練期間中の賃金の一部が助成される制度です。

中小企業の場合、OFF-JT（Off-the-Job Training：座学研修等）の経費助成率は正規雇用労働者で45％、非正規雇用労働者で70％となっており、賃金助成は1人1時間あたり800円が支給されます。有期実習型訓練では、訓練修了後の正社員化が支給要件となり、経費助成率は75％です。

クリニックで活用できる訓練としては、医療事務研修、接遇・マナー研修、電子カルテ操作研修、医療安全研修、感染対策研修などが考えられるでしょう。外部の研修機関が実施する講座を受講させる場合だけでなく、事業主自らが実施する社内研修（事業内訓練）も対象となります。

申請の要件と手続き

本助成金を受給するためには、訓練実施前に「職業訓練実施計画」を作成し、「職業訓練実施計画届」を管轄の労働局に提出する必要があります。訓練開始日の1か月前までに届出を行わなければならないため、計画的に準備を進めることが重要です。

訓練時間は10時間以上であることが要件となっています。また、OFF-JTは実訓練時間の8割以上を受講していることが支給条件です。対象となる訓練は、職務に関連した専門的な知識・技能を習得させるものに限られ、一般的なビジネスマナー研修や語学研修のみでは対象外となる場合があります。

医療機関に特化した内容や、業務に直結するスキルの習得を目的とした訓練を計画するとよいでしょう。

参考：人材開発支援助成金（厚生労働省）

自治体の創業支援制度も確認を

国の補助金・助成金に加えて、創業支援制度を都道府県や市区町村が独自に実施している場合もあります。地域によって内容は異なりますが、クリニック開業に活用できる制度もあるため、開業予定地の支援制度を調べてみることをお勧めします。

ここでは一例として、東京都の制度を紹介します。

【事例】東京都創業助成事業（令和７年度の申請受付は終了）

東京都創業助成事業は、都内で創業予定または創業後5年未満の中小企業者を対象とした助成制度です。

助成率は3分の2以内で、上限額は400万円（下限額100万円）となっています。対象経費には、賃借料、広告費、器具備品購入費、産業財産権出願・導入費、専門家指導費、従業員人件費、市場調査・分析費が含まれます。

なお、事業費及び人件費の助成限度額は上限300万円、委託費（市場調査・分析費）は上限100万円で、合計400万円が上限です。

応募にあたっては、東京都中小企業振興公社が実施する創業支援事業を利用していること、または指定の創業支援施設に入居していることなどの要件があります。

公募は年に複数回実施されており、書類審査と面接審査を経て採択が決まります。採択率は公表されていませんが、事業計画の内容や実現可能性が審査のポイントとなるでしょう。なお、令和7年度の公募は終了しており、次回は令和8年度に実施予定です。

その他の自治体制度

東京都以外でも、多くの自治体が創業支援制度を設けています。ただし、医療機関は対象外となっている制度も多いため、事前の確認が必要です。

開業予定地の自治体窓口や商工会議所に相談し、利用可能な制度があるか確認することをお勧めします。

医療DX関連の補助金

政府は医療分野のDX推進を重点政策として掲げており、医療機関向けの補助制度も整備されています。クリニック開業時に検討すべき医療DX関連の支援制度を確認しておきましょう。

医療情報化支援基金

医療情報化支援基金は、オンライン資格確認の導入や電子処方箋の導入、電子カルテ情報共有サービスの導入などを支援する制度です。社会保険診療報酬支払基金が運営しており、医療機関のIT環境整備を後押しする役割を担っています。

2023年4月よりオンライン資格確認が原則義務化されたこともあり、新規開業のクリニックでは対応機器の導入が前提となります。

すでに、オンライン資格確認の導入に必要な機器（顔認証付きカードリーダー等）については、医療機関への無償提供や費用補助が行われてきました。今後も制度の拡充や新たな支援策が講じられる可能性があるため、最新情報を確認することが大切です。

電子カルテ標準化に向けた支援

政府は「医療DXの推進に関する工程表」において、2030年までにおおむね全ての医療機関で電子カルテの導入を目指す方針を示しています。特に、電子カルテ情報共有サービスに対応した標準仕様のクラウド型電子カルテの普及を推進しており、導入支援策の拡充が見込まれます。

現時点では、電子カルテの導入そのものに対する直接的な補助制度は限定的ですが、IT導入補助金を活用して電子カルテシステムの導入費用の一部を補助することが可能です。

今後、新規開業クリニック向けの補助制度が創設・拡充される可能性があるため、医療DX関連の政策動向を注視しておくとよいでしょう。

参考：電子処方箋・電子カルテの目標設定等について

申請時の注意点

補助金・助成金を確実に活用するためには、いくつかの注意点を押さえておく必要があります。申請前に確認しておくべきポイントを詳しく解説します。

原則として後払いである点

補助金・助成金は、原則として事業実施後に交付される「後払い」の仕組みとなっています。つまり、設備投資や人材育成などの経費は、いったん自己資金や融資で立て替えなければなりません。

申請から交付までに数か月から半年以上かかるケースもあるため、資金計画には余裕を持たせることが重要です。

また、補助金の場合は採択されても、実績報告時に経費が適切に執行されていなかったり、成果目標が達成されていなかったりすると、交付額が減額されたり、不交付となったりする可能性があります。補助対象経費の範囲や、証拠書類の保存方法についても、事前に確認しておきましょう。

申請期限と準備期間

補助金は公募期間が限られているものが多く、期限を過ぎると申請できません。IT導入補助金のように年に複数回の公募が行われる場合もありますが、1回の公募期間は2週間から1か月程度と短いことが一般的です。

また、申請書類の準備には時間を要することが多いため、開業計画の早い段階から情報収集を始めることをお勧めします。

助成金は通年で申請を受け付けているものが多いですが、制度改正により年度途中で要件や支給額が変更されることがあります。

特に、年度末の3月や年度初めの4月は制度改正のタイミングとなることが多いため、この時期に申請を予定している場合は、最新情報を確認することが欠かせません。

専門家への相談

補助金・助成金の申請手続きは複雑なものも多く、書類の不備や要件の誤解により不採択となるケースもあります。

特に初めて申請する場合は、税理士、社会保険労務士、中小企業診断士、認定経営革新等支援機関（認定支援機関）などの専門家に相談することで、申請の成功率を高めることができるでしょう。

商工会議所や自治体の創業支援窓口、よろず支援拠点でも、無料で相談を受け付けている場合があります。補助金申請の代行サービスを提供する事業者も存在しますが、成功報酬型で補助金額の10％から20％程度の手数料がかかるケースが多いため、費用対効果を検討したうえで利用を判断するとよいでしょう。

小規模事業者持続化補助金は利用できない

小規模事業者持続化補助金は、小規模事業者の販路開拓等を支援する代表的な補助金制度です。

補助上限額は50万円（インボイス特例・賃金引上げ特例を活用した場合は最大250万円）で、補助率は3分の2と使い勝手のよい制度ですが、クリニック開業においては注意が必要な点があります。

医療機関は対象外

小規模事業者持続化補助金の対象は「会社および会社に準ずる営利法人」「個人事業主」「一定の要件を満たす特定非営利活動法人」に限られています。医療法人は営利法人ではないため、本補助金の対象外となります。

また、個人で開業した場合であっても、「医師、歯科医師、助産師その他医業に類する事業を営む者」は補助対象者から明確に除外されています。

クリニック開業を検討している医師の方は、この点に留意が必要です。インターネット上には「クリニック開業に小規模事業者持続化補助金が使える」といった誤った情報が掲載されていることもあるため、正確な情報を確認することが重要でしょう。

代替となる制度の検討

クリニック開業時には、小規模事業者持続化補助金に代えて、本記事で紹介したIT導入補助金や各種助成金、自治体独自の創業支援制度の活用を検討するとよいでしょう。IT導入補助金は医療機関も対象となっており、電子カルテやレセコンなどの導入に活用できます。

また、日本政策金融公庫の新規開業資金（新創業融資制度）や、民間金融機関の開業支援ローンなど、融資制度を活用して資金調達を行うことも一般的な方法です。補助金・助成金と融資制度を組み合わせて、無理のない資金計画を立てることが重要となります。

参考：小規模事業者持続化補助金（中小企業庁）

まとめ

クリニック開業時に活用できる補助金・助成金について解説しました。

IT導入補助金は電子カルテやレセコン、予約システムなどのIT機器・ソフトウェアの導入に、キャリアアップ助成金は非正規スタッフの正社員転換に、トライアル雇用助成金は新規スタッフの試行雇用に、人材開発支援助成金はスタッフの研修・教育にそれぞれ活用できます。

自治体独自の創業支援制度も見逃せないポイントです。東京都創業助成事業のように、地域によっては数百万円規模の助成を受けられる制度も存在します。開業予定地の支援制度を調査し、活用できるものがないか確認しておくとよいでしょう。

一方で、小規模事業者持続化補助金のように、医療機関が対象外となる制度もあるため、申請前に対象者要件を必ず確認することが大切です。

また、補助金・助成金は後払いが原則であり、申請から交付までに時間を要する点にも留意が必要となります。資金計画を立てる際には、補助金・助成金の交付を見込んだ計画ではなく、交付がなくても事業が成り立つ計画をベースとしたうえで、採択された場合はプラスアルファの投資に充てるという考え方が安全です。

補助金・助成金の制度は毎年度見直しが行われ、要件や支給額が変更されることがあります。本記事で紹介した内容も、申請時点では変更されている可能性があるため、必ず公式サイトや窓口で最新情報を確認してください。

開業準備を進める際には、早い段階から情報収集を始め、必要に応じて専門家の支援を受けながら、計画的に申請手続きを進めていくことをお勧めします。

※本記事の情報は2025年12月時点のものです。補助金・助成金の制度内容は変更される可能性があるため、申請時には必ず公式サイト等で最新情報をご確認ください。