勤務医の年末調整、出すだけで損していませんか？ 確定申告との使い分けと11月の準備リスト

10月下旬から、勤務先で年末調整の書類が配られ始めます。

「毎年なんとなく出している」という先生に向けて、年末調整で完結する条件、

できること・できないこと、バイト先が複数ある場合の処理、

11月までの準備、出し忘れた場合の挽回方法を、結論から順に整理します。

年末調整とは何か：確定申告との違い

年末調整は、毎月の給与から天引きされている所得税（源泉所得税）を、1年間の正しい税額と照らし合わせて精算する手続きです。毎月の源泉徴収は概算で行われるため、年末に、扶養や保険料などの控除を反映した正しい税額との差を、勤務先が調整します。多くの会社員は、これで1年分の税金の手続きが完了します。

確定申告との最大の違いは、手続きを行う主体と、対象となる範囲です。年末調整は勤務先が行い、対象は勤務先の給与だけです。確定申告は本人が行い、給与以外の所得も含めて、すべての所得と控除を申告します。

年末調整の流れは、10月下旬から11月にかけて、勤務先から申告書が配られ、保険会社などから届く控除証明書を添えて、11月中旬から12月上旬の期限までに提出します。勤務先は12月の給与などで精算し、翌年1月に源泉徴収票を交付します。この源泉徴収票は、確定申告をする際に、そのまま使います。

年末調整で完結する勤務医と、確定申告が必要な勤務医の違い

結論として、年末調整だけで完結できるのは、勤務先が1か所のみで、副収入がなく、給与収入が2,000万円以下の勤務医です。この条件を満たす勤務医は、確定申告をしなくても、法律上の問題はありません。ただし、医療費控除やふるさと納税（確定申告方式）による還付を受けたい場合は、任意で確定申告できます。

確定申告が必要になる典型的なケースは、4つあります。1つ目は、給与収入が2,000万円を超える場合です。この場合、勤務先は年末調整を行えないため、勤務先が1か所だけでも、自分で確定申告をしなければなりません。

2つ目は、常勤のほかに、当直や外勤などで2か所以上から給与を受けている場合です。年末調整されなかった給与の収入金額と、給与・退職以外の所得金額の合計が、年間20万円を超えると、確定申告が必要です。月に2〜3万円程度の当直でも、年間では20万円を超えやすいため、「たまにしかバイトしていないから大丈夫」とは言えません。

3つ目は、講演料・原稿料・コンサルティング料などの報酬がある場合です。これらは給与ではなく、事業所得または雑所得になり、給与・退職以外の所得が年間20万円を超えると、確定申告が必要です。報酬から源泉徴収されていても、申告の義務はなくなりません。

4つ目は、不動産所得がある場合や、特定口座（源泉徴収あり）以外で株式を売却した場合などです。これらは原則として確定申告で申告し、不動産の赤字を給与と損益通算するのも、確定申告でしかできません。

なお、所得税の確定申告が不要な場合でも、住民税の申告が必要になるケースがあります。住民税の申告には、所得税のような「20万円以下は不要」という基準がないため、副収入がある場合は、お住まいの市区町村に確認してください。

年末調整でできる控除と、できない控除

年末調整でできるのは、勤務先に証明書や申告書を出せば処理できる控除です。具体的には、給与天引き分の社会保険料控除、生命保険料控除、地震保険料控除、iDeCoの掛金控除（小規模企業共済等掛金控除）、配偶者控除・扶養控除、住宅ローン控除（2年目以降）があります。

できないのは、勤務先が内容を確認できない控除や、勤務先の給与以外の所得に関わる処理です。次の表にまとめます。

※要件・上限は個人の状況により異なります。最新の様式・要件は国税庁の案内をご確認ください。

この表で特に重要なのは、iDeCoの掛金控除です。iDeCoは年末調整で処理できますが、払込証明書を提出しないと控除されません。毎年10月から11月に、国民年金基金連合会から封筒で届くため、他の郵便物に紛れないよう、届いた日に「年末調整用」の封筒に入れる習慣をつけてください。

バイト先が複数ある場合は、どう処理するのが正しいか

勤務先が複数ある場合の基本は、「扶養控除等申告書」を提出する勤務先は1か所だけということです。提出した勤務先が主たる勤務先（甲欄）となり、年末調整を受けます。それ以外の勤務先は、乙欄として、甲欄より高い税率で源泉徴収され、年末調整はされません。

乙欄の給与は、年間の収入を合算した正しい税額との差が、確定申告で精算されます。乙欄の税率が高すぎれば還付、低すぎれば追加納付になります。収入が多い勤務医ほど、本来の税率が源泉税率を上回り、追加納付になるケースが多くなります。外勤を増やした年は、事前に税負担を試算しておくと安心です。

講演料や原稿料などの報酬（業務委託による収入）は、給与ではなく事業所得または雑所得として扱われ、必要経費を引いた所得を申告します。当直バイトであっても、契約が雇用契約か業務委託かで、給与か報酬かの区分が変わります。区分を誤ると、経費の計上や税額に影響するため、契約内容を確認してください。

副収入に対する住民税の納付方法も、確定申告書で選べます。給与天引き（特別徴収）のままにすると、住民税額から勤務先に副収入の存在が伝わる場合があります。自分で納付する（普通徴収）を選ぶ方法もありますが、自治体により扱いが異なるため、事前に確認してください。

令和8年分（2026年分）の年末調整で変わった点は何か

令和8年分の年末調整は、基礎控除・給与所得控除の拡充が反映される年です。これにより、課税最低限（税金がかかり始める収入の目安）が178万円に引き上げられました。また、扶養親族の所得要件が58万円から62万円（給与収入のみの場合は136万円以下）に引き上げられ、一定の特定親族（19歳以上23歳未満の親族）に関する規定も加わりました。

年収1,000万円を超える勤務医の本人の税額への影響は、限定的です。一方で、申告書の様式が変更されているため、昨年の書類を参考に「前年と同じ」と記入すると、特に扶養控除等（異動）申告書で記入漏れや誤りが起きやすくなります。お子さんが大学生の年齢の先生は、特定親族に関する欄に注意してください。

11月までに集めるべき書類は何か

年末調整の提出期限は、勤務先により異なりますが、多くは11月中旬から12月上旬です。届いた日に、専用の封筒かクリアファイルに入れる習慣だけで、取りこぼしは大きく減ります。

• 生命保険料控除証明書、地震保険料控除証明書：保険会社から10〜11月に届きます。年末調整の申告書に添付します。
• iDeCoの掛金払込証明書：国民年金基金連合会から10〜11月に届きます。添付漏れの多い書類です。
• 住宅借入金等特別控除申告書とローン残高証明書（住宅ローン控除の2年目以降）：税務署から10月ごろ、金融機関から10〜11月に届きます。
• 配偶者・扶養親族の情報：氏名、生年月日、マイナンバー、今年の所得見込みを確認します。
• 医療費の領収書・医療費通知：確定申告で医療費控除を受ける場合に使います。年末までに集計し、領収書は5年間保管します。
• ふるさと納税の寄附金受領証明書：確定申告で寄附金控除を受ける場合に使います。
• バイト先の源泉徴収票、報酬の支払調書：翌年1月から2月に届きます。確定申告で合算します。

電子データで控除証明書を取得し、年末調整に利用できる仕組みもあります。勤務先や金融機関によって対応は異なるため、紙の証明書が届かない場合は、電子での取得が可能か確認してください。

年末調整の書類で、よくある記入ミスは何か

最も多いのは、扶養控除等（異動）申告書で、前年のままにして、変化を反映しないミスです。お子さんが成人した、配偶者の収入が増えた、といった変化があるのに、そのまま申告すると、税額の計算が合わず、後から追加納付や修正が必要になります。

配偶者の所得見込みの誤りも、よくあります。配偶者控除は、勤務医本人の合計所得が1,000万円以下（給与年収で約1,195万円以下）の場合に限られ、給与年収が約1,095万円を超えると控除額が段階的に小さくなります。申告書に正確な見込みを書き、不明なら税理士に確認してください。

生命保険料控除では、新契約と旧契約の区分や、一般・介護医療・個人年金の区分の誤りが起こりがちです。控除証明書に記載されている区分と金額を、そのまま転記してください。住宅ローン控除の2年目以降は、税務署から届く申告書がない場合、住所変更の届出漏れなどが考えられます。10月になっても届かなければ、税務署に問い合わせてください。

提出を忘れた・間違えた場合のリカバリー方法

リカバリーの方法は、気づく時期によって異なります。年内で、勤務先がまだ年末調整を処理していない段階なら、すぐに担当者へ連絡して、書類を追加で提出します。

年末調整が済んだ後でも、翌年1月までは、勤務先で再調整してもらえることがあります。iDeCoの証明書を添付し忘れた場合などは、この時期までに担当者に依頼します。

再調整の期限を過ぎた場合や、年末調整では対応できない控除は、確定申告（還付申告）で取り戻します。確定申告の期限は翌年3月15日ですが、還付を受けるだけの申告であれば、翌年1月から5年間、行えます。過去の年の控除を申告し忘れていたことに気づいた場合も、5年以内であれば、還付申告または更正の請求で取り戻せる可能性があります。古い年から順に期限が切れていくため、気づいた時点で動くことが大切です。

ケース別：自分の場合は、何をすればよいか

ここまでの内容を、勤務医の典型的な4つのケースに当てはめます。ご自身に近いものを確認してください。

ケースA：常勤1か所のみ、副収入なし、給与年収1,500万円の場合は、年末調整で完結します。10月下旬に届く申告書に、扶養家族の情報、生命保険料控除、iDeCoの掛金を記入し、証明書を添えて提出してください。医療費が10万円を超える、ふるさと納税をワンストップ特例以外で行った、といった場合のみ、翌年に任意で確定申告をします。

ケースB：常勤のほかに、外勤・当直の給与が年300万円ある場合は、確定申告が必要です。常勤先では年末調整を受け、外勤先からは翌年1月から2月に源泉徴収票を受け取り、すべての給与を合算して申告します。外勤先の源泉税が足りない場合は、追加納付になります。ふるさと納税は、ワンストップ特例ではなく確定申告で控除を受け、住民税の納付方法も申告書で選択します。

ケースC：常勤のほかに、講演料・原稿料などの報酬が年60万円ある場合も、20万円を超えているため、確定申告が必要です。報酬は事業所得または雑所得として申告し、必要経費（交通費・書籍代・業務に使った通信費など）を差し引けます。入金記録や支払調書を保管し、経費の領収書を整理してください。

ケースD：給与年収が2,200万円の場合は、勤務先が年末調整を行えないため、確定申告が必須です。源泉徴収票を使って、すべての控除を申告書に記載します。この水準では、ふるさと納税の上限額も大きくなり、控除の取りこぼしも金額が大きくなるため、税理士に依頼することも検討してください。

確定申告が必要な場合、年明けはどのように動けばよいか

確定申告が必要な勤務医の年明けの流れは、次のとおりです。1月に、常勤先から源泉徴収票が交付され、外勤先からも順次届きます。報酬の支払調書も届きます（届かない場合は、自分の記録を使います）。1月中に、ふるさと納税の寄附金受領証明書、医療費の明細、iDeCoや保険の証明書が揃っているかを確認します。

2月16日から3月15日が、確定申告の受付期間です（2027年は3月15日が月曜日）。還付申告であれば、1月から受け付けています。国税庁の確定申告書等作成コーナーを使い、e-Taxで送信すると、書類の持ち込みが不要で、還付も比較的早く行われます。納付が必要な場合は、3月15日までに納めるか、口座振替（振替納税）を利用します。

副収入が少しでもある勤務医は、1月に慌てないよう、年内に年間の収入を集計し、必要書類を揃えておくのが賢明です。年末調整の準備と、確定申告の準備は、同じタイミングで進めると、効率がよくなります。

副収入がある場合、記録と帳簿はどう整えればよいか

講演料・原稿料・コンサルティング料などの副収入がある場合、日常的な記録が、申告の正確さと経費の計上を左右します。最低限、次の記録を残してください。収入については、請求書、入金の記録（通帳）、支払調書。経費については、領収書やレシート、交通費の記録（日付・区間・目的）、業務に使った機器や書籍の購入記録です。

所得の区分（事業所得か雑所得か）は、継続性や規模などの実態で判断されます。雑所得で、年間の収入が300万円を超える場合は、収入や経費に関する書類の保存が必要です。区分に迷う場合は、税理士に確認するのが確実です。

経費は、業務との関連性が証明できるものに限られます。私的な支出と混ざっている費用（自宅の通信費、自家用車の費用など）は、業務で使った割合で按分します。根拠のない全額計上や、家族との食事を経費にする処理は、税務調査で否認されるリスクがあります。

Q. 当直バイトが月1〜2回程度でも、確定申告が必要ですか？

A. 年間の当直収入（年末調整されなかった給与の収入金額）と、給与以外の所得の合計が20万円を超えれば、確定申告が必要です。月2〜3万円の当直が数回あるだけで、年間20万円を超えることがあります。年末に、各勤務先からの年間収入を合計して確認してください。

Q. ふるさと納税をワンストップ特例で申請しました。確定申告も必要な場合はどうなりますか？

A. 確定申告をすると、ワンストップ特例は無効になります。確定申告書の寄附金控除欄に、ふるさと納税のすべての寄附を記載してください。寄附金受領証明書が必要です。

Q. 年末調整の後に、結婚・出産・離婚があった場合はどうなりますか？

A. 年末調整は12月31日時点の状況で行います。提出後に扶養の変化が生じた場合は、勤務先での再調整が間に合えば依頼し、間に合わない場合は確定申告で精算します。出産による扶養追加は、特に忘れやすいため注意してください。

Q. 年の途中で転職しました。年末調整はどうなりますか？

A. 原則として、年末時点の勤務先が年末調整を行います。前の勤務先の源泉徴収票を、新しい勤務先に提出してください。提出できない場合や、前職の分を含めて精算できない場合は、確定申告が必要です。

Q. 給与収入が2,000万円を超えそうです。何をすればよいですか？

A. 年末調整は行われないため、翌年の確定申告が必須です。源泉徴収票を使って確定申告を行い、すべての控除を申告書に記載します。早めに税理士へ相談しておくと安心です。

Q. 確定申告はe-Taxでできますか？

A. はい。マイナンバーカードとスマートフォン、またはカードリーダーがあれば、自宅から申告できます。医療費控除の明細書やふるさと納税の寄附金控除も、画面の案内に沿って入力できます。

まとめ

年末調整は、勤務先が給与だけを対象に行う精算です。勤務先が1か所で、副収入がなく、給与収入が2,000万円以下なら、年末調整だけで完結します。当直・外勤、講演料、不動産収入、2,000万円超の給与がある勤務医は、確定申告が必要です。iDeCo・生命保険料の控除は証明書を出して年末調整で、医療費控除・ふるさと納税・損益通算は確定申告で処理します。提出を忘れても、翌年1月までは再調整、それ以降は5年以内の還付申告で取り戻せます。書類が届く10月下旬から11月が、1年の中で最も控除を取りこぼしやすく、同時に最も取り戻しやすい時期です。